Consiliul pentru Siguranța Transporturilor din Japonia va trimite șase anchetatori  pentru a cerceta coliziunea dintre două avioane, în timp ce producătorul Airbus va trimite specialiști pentru asistență tehnică.

Ministerul japonez al Terenurilor, Infrastructurii, Transporturilor și Turismului a prezentat înregistrările evenimentului, confirmând că înainte de momentul incidentului, controlorul de trafic aerian de pe Aeroportul Haneda a emis un permis de aterizare aeronavei de pasageri aparținând Japan Airlines, în timp dădea instrucțiuni aeronavelor Pazei de Coastă din Japonia să "staționeze în locul de așteptare de pe pistă", nefiind permisă intrarea pe pista.

O aeronavă apaținând Japan Airlines care asigura zborul 516 a fost lovită de o aeronavă a Pazei de Coastă din Japonia, în timp ce efectua manevrele de aterizare. Toții pasagerii din aeronavă au fost evacuați, fiind înregistrate cinci victime și un rănit grav din cadrul aeronavei pazei de coastă.