Întregul proces a fost coordonat cu mare precizie de către angajaţii Centrului de Control al Zborului Spaţial din Beijing.
Inginerul-şef ajunct al centrului, Sun Jun a declarat presei că pentru a goni după laboratorul spaţial Tiangong-2, care se află la o distanţă de peste 5.000 km de navă, aceasta din urmă trebuie să-şi schimbe de cinci ori orbita. De fiecare dată, angajaţii trebuie să ridice perigeul de zbor, să rectifice orbita şi să ridice şi apogeul. După ce Shenzhou-11 va ajunge în punctul aflat la aproximativ 52 km de Tiangong-2, cele două module vor stabili o legătură de comunicaţii.
Spre deosebire de misiunile precedente, înălţimea orbitei de cuplare a fost mărită cu 50 de km. Totodată, va fi prima cuplare între un laborator spaţial şi o navă spaţială, iar astronauţii vor sta pentru prima dată, pe termenul mediu de 30 de zile, în laborator.