Cele cinci comandamente se vor înfiinţa în oraşele Kaspiysk, Murmansk, Petropavlovsk-Kamchatskiy, Simferopol şi Yuzhno-Sakhalinsk, cu scopul de a coordona instituţiile federale şi regionale pentru a comanda acţiunile antiteroriste ale Rusiei în apele teritoriale.
În plus, responsabilul celor cinci comandamente este liderul regional al Seviciului Federal pentru Securitate. Sarcina principală a comandamentelor este prevenirea acţiunilor teroriste şi acţiunilor care ameninţă securitatea regiunilor.