Morsi este primul preşedinte egiptean ales prin vot democratic şi condamnat. Acesta este pus sub acuzare şi în alte dosare. Morsi mai este acuzat ca a furnizat informaţii secrete Qatarului, că a conspirat împreună cu grupul palestinian Hamas pentru a destabiliza Egiptul şi că a organizat o evadare din închisoare în timpul protestelor din 2011 în favoarea lui Hosni Mubarak.
La data de 4 decembrie 2012, zeci de mii de egipteni s-au adunat în faţa palatului prezidențial, cerând preşedintelui Mursi să anuleze intrarea în aplicare a noii constituții și programeze un nou referendum constituțional. Totodată s-a solicitat demisia lui Morsi.
Susținătorii lui Morsi și adversarii săi au intrat în conflicte de stradă, soldate cu zece morți și peste 700 de răniți.